Trường Cao đẳng Tài chính - Hải quan là trường cao đẳng đầu tiên được Bộ Giáo dục - Đào tạo cho phép đào tạo chương trình cao đẳng Chất lượng cao theo quyết định số 5220/BGDĐT-GDĐH ký ngày 09 tháng 10 năm 2015. Hiện nay, chương trình cao đẳng Chất lượng cao tại trường Cao đẳng Tài chính - Hải quan đang đào tạo 4 ngành là Tài chính  -  Ngân hàng, Kế toán, Quản trị kinh doanh và Kinh doanh quốc tế.